A avaliação do estado de conservação de espécies e habitats naturais protegidos ao nível da União Europeia decorre das disposições das Diretivas Aves e Habitats (transpostas para o direito interno através do Decreto-Lei n.º 140/99, com as alterações introduzidas pelo Decreto-Lei nº 49/2005 e Decreto-Lei nº 156-A/2013). Estes indicadores baseiam-se nos resultados do Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Habitats e do Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Aves reportados à Comissão Europeia.
A informação obtida para o efeito é baseada em dados de natureza científica, tendo sido elaborados neste formato relatórios referentes a três períodos distintos para reporte da aplicação da Diretiva Habitats (2001-2006, 2007-2012 e 2013-2018) e dois para a Diretiva Aves (2008-2012, 2013-2018).
O Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Habitats (à semelhança do que se verifica para a Diretiva Aves) segue uma estrutura e metodologia previamente definidas pela Comissão Europeia e pela Agência Europeia do Ambiente, em articulação com peritos das autoridades competentes dos Estados Membros, e integra informação relativa às três regiões biogeográficas terrestres em que Portugal se insere, designadamente Atlântica (ATL), Mediterrânica (MED) e Macaronésia (MAC), e ainda às duas regiões marinhas, Mar Atlântico (MATL) e Mar da Macaronésia (MMAC). São consideradas as seguintes classes relativas ao estado de conservação: favorável, inadequado (desfavorável/inadequado), mau (desfavorável/mau). Numa classe designada por “desconhecido” integram-se as espécies e habitats para os quais não é possível concluir do estado de conservação, fundamentalmente por falta de informação sobre alguns ou todos os parâmetros utilizados. No âmbito da elaboração deste Relatório para o período 2013-2018, foram realizadas avaliações globais ao estado de conservação de 335 espécies (189 da flora e 146 da fauna - moluscos, artrópodes, outros invertebrados, peixes, anfíbios, répteis e mamíferos) e de 99 habitats naturais e seminaturais.
No âmbito da Diretiva Aves não se avalia o “estado de conservação” das espécies (conceito estipulado apenas na Diretiva Habitats), sendo para o efeito estimadas as tendências da dimensão da população, separadamente para espécies nidificantes e invernantes São considerados dois períodos para avaliação daquelas tendências: a curto prazo (últimos doze anos) e a longo prazo (desde 1980). Cinco categorias de tendência foram consideradas em 2008-2012 (estável, flutuante, crescente, decrescente e desconhecida), a que acresceu em 2013-2018 uma outra (incerta, referente a situações em que, embora havendo monitorização os dados disponíveis, não permitem determinar uma tendência).
A melhoria do estado das populações de aves pode ser inferida verificando-se um dos seguintes critérios:
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Populações que apresentam tendência crescente a curto prazo, independentemente da tendência de longo-prazo;
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Populações que com tendência decrescente a longo prazo, apresentam a curto-prazo tendência estável ou flutuante.
No âmbito do Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Aves, são relatadas todas as populações de aves nidificantes com ocorrência regular e um subconjunto de populações invernantes (na sua maioria de espécies aquáticas) e de passagem. Para o período 2013-2018, foram relatadas 262 entidades para o Continente (199 nidificantes,58 invernantes e 5 de passagem), 47 para os Açores (34 nidificantes e 13 invernantes) e 43 para a Madeira (nidificantes).
Nas avaliações realizadas nesse âmbito, para o Continente não foi possível estimar a dimensão da população de uma espécie nidificante e de duas espécies invernantes, nem a área de distribuição de duas espécies nidificantes. Para os Açores, não foi possível estimar a dimensão da população de uma espécie nidificante e de dez espécies invernantes, nem a área de distribuição de uma espécie nidificante. Para a Madeira, foi possível obter estes dois parâmetros para a totalidade das espécies relatadas.
Estes dados são atualizados de seis em seis anos e dizem respeito a Portugal continental, Regiões Autónomas da Madeira e dos Açores e regiões marinhas sob jurisdição nacional (Mar Territorial e Zona Económica Exclusiva).
