A avaliação do estado de conservação de espécies e habitats naturais protegidos ao nível da União Europeia decorre das disposições das Diretivas Aves e Habitats (transpostas para o direito interno através do Decreto-Lei n.º 140/99, com as alterações introduzidas pelo Decreto-Lei nº 49/2005 e Decreto-Lei nº 156-A/2013). Estes indicadores baseiam-se nos resultados do Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Habitats e do Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Aves reportados à Comissão Europeia.
A informação obtida para o efeito é baseada em dados de natureza científica, tendo sido elaborados neste formato relatórios referentes a dois períodos distintos para reporte da aplicação da Diretiva Habitats (2001-2006 e 2007-2012) e um para a Diretiva Aves (2008-2012). Apesar de não dizerem respeito à globalidade das espécies da flora e da fauna que ocorrem em Portugal, os resultados apresentados nestes relatórios são considerados uma aproximação razoável ao seu estado geral de conservação, particularmente para a fauna de vertebrados (com exceção dos peixes marinhos) e a flora vascular terrestre. Considera-se igualmente que estes resultados são representativos das pressões e ameaças que atuam sobre estas espécies.
O Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Habitats (à semelhança do que se verifica para a Diretiva Aves) segue uma estrutura e metodologia previamente definidas pela Comissão Europeia e pela Agência Europeia do Ambiente, em articulação com peritos das autoridades competentes dos Estados Membros, e integra informação relativa às três regiões biogeográficas terrestres em que Portugal se insere, designadamente Atlântica (ATL), Mediterrânica (MED) e Macaronésia (MAC), e ainda às duas regiões marinhas, Mar Atlântico (MATL) e Mar da Macaronésia (MMAC). São consideradas as seguintes classes relativas ao estado de conservação: favorável, inadequado (desfavorável/inadequado), mau (desfavorável/mau). Numa classe designada por “desconhecido” integram-se as espécies e habitats para os quais não é possível avaliar o estado de conservação, fundamentalmente por falta de informação sobre alguns ou todos os parâmetros utilizados. No âmbito da elaboração deste Relatório para o período 2007-2012, foram realizadas avaliações globais ao estado de conservação de 324 espécies (191 da flora e 133 da fauna - moluscos, artrópodes, peixes, anfíbios, répteis e mamíferos) e de 99 habitats naturais e seminaturais.
No âmbito da Diretiva Aves não se avalia o “estado de conservação” das espécies (conceito estipulado apenas na Diretiva Habitats), sendo para o efeito estimadas as tendências da dimensão da população, separadamente para espécies nidificantes e invernantes, e do range (área que engloba todos os locais de ocorrência conhecida da espécie) das nidificantes. Foram considerados dois períodos para avaliação daquelas tendências: a curto prazo (últimos doze anos) avaliando a evolução recente e a longo prazo (desde ca. 1980). Cinco categorias de tendência foram consideradas: estável, flutuante, crescente, decrescente e desconhecido.
Nas avaliações realizadas à avifauna para a elaboração do Relatório Nacional de Aplicação da Diretiva Aves para o período 2008-2012, num total de 257 espécies avaliadas para o Continente, não foi possível estimar a dimensão da população para 13 espécies e da distribuição para três espécies. Para os Açores, das 34 espécies relatadas não foi possível estimar a dimensão da população e a distribuição para sete e duas espécies, respetivamente. Para a Madeira foi possível obter estes dois parâmetros para a totalidade das 42 espécies que nidificam regularmente nessa região.
Estes dados são atualizados de seis em seis anos e dizem respeito a Portugal continental, Regiões Autónomas da Madeira e dos Açores e regiões marinhas sob jurisdição nacional (Mar Territorial e Zona Económica Exclusiva).
